SSO側でユーザー名が登録されますが、カンパニー管理者がヤラク翻訳ユーザーページからもユーザーを変更できますか。

はい、できます。
また、カンパニー管理者はヤラク翻訳ユーザーページからユーザーをカンパニーアカウントから外すことができます。

削除手順は、以下の通りす。