一度翻訳対象外としたセグメントは次回以降のファイルにも反映されますか。

いいえ、「このセグメントを翻訳しない」機能はそのドキュメントでのみ適用されます。
翻訳対象外のセグメントが大量にある場合は、事前に削除しておくか、原文を訳文にコピーした上でフレーズに追加してください。

フレーズに追加した翻訳は次回以降の翻訳にも反映されます。